据《漳州府志》与寺内现存的圣旨碑记载，此院建于唐朝垂拱二年（即公元686年）。石室禅院在有历史记载的修建年代中——宋、元、明、清、民国均有考证。明代倭寇侵扰闽海，戚继光将军领兵入闽，抗击倭寇，至今石室禅院后山，仍然留有戚将军抗倭的 “游城古寨”与“尖山古寨”遗迹，及当年扎兵驻寨时所用马槽，这些历史遗物，无不一一昭示着当年的丰功伟绩。

寺院后山，自古以来就有十八景，如高山天湖、试剑石、仙脚石、石鼓、石旗、观音崖、三归岭古道等自然景观和人文遗产，为此也留下不少民间故事和神话传说，令人发古之幽情，感今之盛世。