先以欲钩牵第三、六、七、十一、十二大愿：
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
药师如来在因地所发的第三愿是“无尽资生愿”，人类赖以生存的资生物，是衣食住行医药等等，这一切物资的受用，不仅要有，而且要丰富，如果缺少或没有，就会引起社会的严重问题，盗窃、劫杀、斗争等等罪恶行为，必将因而产生。药师如来在因地行菩萨道时，深深知道这一点，所以特别发愿，要使众生不但获得谋生的能力，而且要以无量无边的智慧方便，生产充足的受用物资，令诸有情凡有所需皆能得到，而且受用无尽，让大家过着富足丰裕安乐的生活。莫令众生对于物资的供给感到缺少，没有供给失调，需品短缺的现象。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情。其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
药师如来因地发的第六大愿是“诸根具足愿”：
愿我将来得大菩提时，设若世间的诸有情，或因过去的业力所感，今生受外缘的损伤，致使其报身下劣（身材矮小衰弱，或身份不称，以及种种畸形），诸根不具是对诸根具足而言，有的是外表的缺陷，例如眼耳损坏，手足残缺；有的是内在残缺，例如从外表看身体各部尚似完整，事实上某部分器官已经失去功能成为残疾。丑陋是指身体上有缺陷，以致容貌丑陋，不够庄严，令人看了不生好感。顽愚是指意根下劣，心性愚钝不是冥顽不灵，就是懵懂无知。盲是眼根损坏，不能看到一切事物。聋是耳根损坏，不能听到外面的声音。喑是喉音沙哑，语不明亮。哑是舌根障碍，不能说话而为哑巴。挛是两手扭曲，伸缩不能自如。躄是两脚俱废不能行走。一足残废则称为跛子。背偻是驼背，白癞是大麻风，一种非常顽固的疾病。癫狂是精神失常，意识迷惑。以上种种病苦是世间最难医治的残疾。
上面的种种病苦者，一旦听到我药师如来的名号，或一心称念，或礼拜供养，将可得到威德加被，皆能救治。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
药师如来因地发的第七大愿是“身心康乐愿”：将来我成佛时，设若诸有情，受到众病的迫切煎逼，莫不渴望医药的治疗，早日解脱痛苦。但是世界上仍有很多众生，受到疾病煎逼时，既无人为其救治，又无处可以依归，没有办法就医，更无钱买药。他们没有相近的亲戚朋友，也没有家人的照顾，贫穷得一无所有，如此的孤苦伶仃，复又受到这样巨大众多的痛苦，确实是非常的不幸。但是只要我药师如来的名号一经其耳，就可众病悉除，身心得到安乐。而且原来没有家属的，现在也有许多朋友来照顾了。原来没有资生之具的现在也都具备，而且丰足起来了；进而得以听闻的善根因缘，修学福德智慧，乃至到了最后可以证得无上菩提（即是往生净土，解脱生死）。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业，得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
药师如来因地发的第十一大愿是“得妙饮食愿”：愿我于未来世，得证大菩提时，假若这个世界诸有情，受到饥渴的逼恼而无法生存时，为了活命不择手段地去追求饮食，以致造成诸大恶业，这是经常可以见到的社会现象。“民以食为天”，人人必须依赖饮食而生存，但是只要勤劳在工商业发达的今天，解决民生问题并不困难。比如有知识才能的人运用智慧及专长；身强力壮的则运用劳力，体质较弱的则可从事于不太需要劳力的手工业等。总之，一勤天下无难事，倘若一味地想坐享其成，不劳而获，甚至铤而走险，不择手段地索取所需，那是自甘堕落，不值得同情。
至于因家境贫困，三餐难继，因而犯下错误，造诸恶业的人，值得怜悯！佛法在人间，最高旨趣固然在解脱，但也从未忽略人们的生存问题，所谓“衣食足而礼义兴”，生活安定，始能一心一意地如法修持，所以天台宗所谓：身安则道隆，就是这个意思。药师如来深切地体会到生活的真谛，所以在愿中说：一切无衣无食的众生，设若得闻我药师佛名号，专心忆念奉持，我当先以上妙的饮食饱足其身，解除他为饥渴所逼的苦恼，安住在有漏的善道上，然后进一步以法味使他们于佛的正法中，得毕竟安乐。所谓毕竟安乐，就是听闻修习药师法门后，成就往生净土、解脱轮回。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、花鬘、涂香、鼓乐、众伎，随心所玩，皆令满足。
药师如来因地所发的第十二大愿是“得妙衣具足愿”：愿我于未来世，得证大菩提时，若诸有情穷得没有衣服和被褥御寒，晚上受到蚊虻的侵扰，感染疾病，这样的昼夜逼恼，不胜其苦！悲愿无尽的药师如来说：若有苦恼的众生，听闻我药师如来的名号，能专心一意地称念，如法地信受奉行，承药师如来本愿功德与威神力的加被，再加上自己厚植的福德，就能如其内心之所好，要想得到什么衣服就可满足。同时亦令众生能够得到一切宝庄严具，如衣冠古董玉环钻石等物（不仅庄严其身的叫庄严具，就是居住的房屋、运载的舟车、应用的器皿等，以供自己所需的，皆包括在庄严具中），还有严饰身体的花鬘、涂香（华是古花字。以花串成环状，可以挂在颈上作为装饰，叫作花鬘）。
“富润屋，德润身”，药师如来所愿众生的身心皆得到满足，乃以鼓乐众伎娱乐人生，使人们精神上得到调剂，不致枯燥无味。鼓乐是指各类音乐器具；众伎是指娱乐表演的各种歌舞伎人（伎，音技，作乐者）。总而言之，人生有各式各样的要求，以度生为念的药师如来，能随众生的心意、所好、玩赏，皆能令众生得到满足，绝不会使其失望。以上七大愿，为药师法门的精髓，也是区别于其他法门的显著特色。药师佛救度众生的心太慈悲了，先以欲钩牵（第三、六、七、十一、十二大愿），后令入佛智（第一二大愿），这是像法时代，弘法利生的善巧方便，是不得已而开的方便法门。因为像法众生，性格刚强难调难度。他们不仅信愿不坚定，还将信将疑反复无常，而且急功近利，喜欢耍点儿小聪明，走捷径希望快速成就，恨不得一夜之间就大彻大悟。但是，另一方面他们又对物欲享乐留恋有加，依依不舍不肯出离，以至于劳驾药师佛屡屡施以援手。然而，尽管如此，他们仍然不肯思过，发不起出离心，就算偶尔灵光乍现，也只是如过往烟云，转瞬即逝，最终还是堕落三恶道中，旋出旋入不得不劳驾药师佛，久经劫数，而作度脱。若不是药师佛慈悲，曾发“令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚，若堕种种恶稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修行诸菩萨行”的誓愿，他们可能沉沦地狱，长世不得翻身了。
大家都知道猪有个非常特别的习性，就是喜欢睡在肮脏的地方。人们辛辛苦苦地帮它们打扫干净，不到一会儿，它们又弄脏了，你看它们仍然美美地酣睡在原来肮脏的地方，真的是江山易改，本性难移。相比之下，自称万物之灵的人类，其实比起猪来也高明不到哪里，这个五浊恶世，三宅火坑，真的是没什么好留恋的。可是就这么一个苦乐参半的人世间，却令我们沉溺其中不能自拔，以致轮回不息。稍有不慎，失却人身，将是万劫不复。由此可见，释迦牟尼佛真的是太慈悲了，太有智慧了，他跟我们娑婆众生真的是很有缘，他不忍众生沉沦，因此，想尽办法要度众生，众生的生老病死衣食住行，他都要牵肠挂肚，就像慈父慈母一般，体贴入微细心照顾。世尊不但为众生演说因果通三世，万般带不去，唯有业随身的因果定律，而且还针对众生的不同根机演说了八万四千法门，一一对治众生的八万四千烦恼。世尊以自觉、觉他、觉行圆满的无量智慧和方便，行无缘大慈，同体大悲的菩萨道精神，时时处处，无时无刻都不忘救度苦难众生。然而，众生根性愚钝，执著于五欲六尘，为眼前的物欲迷惑，迷失本性，不知回光觉照，迷恋于眼前的所有物，犹如救命稻草，那真是到了你拿净土门券与他交换，他都不肯舍弃的地步，实在是愚痴顽固到底。殊不知，世间的一切所有物都是虚无缥缈的，都是成住坏空的，追逐它的时候费尽心机机关算尽，百般造业，得到它的时候，也不过是一时半刻的虚荣，犹如昙花一现，过了又依依不舍，难割难弃，真的是欲壑难填啊。世尊深知阎浮提众生的习性，于是以其人之道，还治其人之身，先以欲钩牵，后令入佛智。在事业身心，衣饰饮食，资生资具，男女性向等物质财富和精神财富方面，悉令满足，勿使乏少，让众生享受这些所谓的人间欲乐，让他们在富足中看破放下，然后，观机逗教，假以方便，以大乘之道而安立之，悉令安住于菩提道中，方出离有期，往生有望，最后导归净土，得无生法忍，不退地菩萨果位，再来娑婆世界度化自己的累世父母、儿女、亲朋、好友。这就是世尊教导大家这么一个法宝——药师法门！这也就是大家知道的玉琳国师为什么称药师佛为消灾延寿药师佛的道理。第二大愿可满足大家事业发达，第三大愿可令大家物质充足无所缺乏，第六大愿可使我们诸根具足，无有疾苦，第七大愿可让我们身心康乐，合家幸福，第十一大愿可让我们众生得妙饮食，第十二大愿令我们衣服、住、行都庄严具足。俗话说，人活着就为衣食而奋斗，现在讲小康生活水平就是衣食无忧，活得体面。