三宝楼即为供佛、讲法及僧住之处，石室禅院的三宝楼位于护法殿（旧大殿）的西侧，面朝东方，百年玉兰、金桂摇曳其前，每当花期，馨香满院。

三宝楼一层为客堂，是寺院日常工作的管理中心，集外交、内务于一体。主要负责对外联络，接待四方宾客、居士、云游僧等；协调本寺院各堂口之间的工作，僧众的考勤和纪律规范；各殿堂的管理，寺院的消防、治安等事务。大众来此，品茗论道，咨询法务，捐建道场，供养常住，超荐冤亲，放生消灾，点灯供佛等，通过客堂这扇窗口，沟通僧俗两界，接引无量众生。

三宝楼二层为寺院行政机构——寺务处（管理委员会），由僧人组成的寺务管理委员会决策班子，对寺内全年重大活动做出决策。

三宝楼三层为药师专修堂，用于举办药师禅修或药师法门讲解开示。