祈福钟殿位于药师密坛之后，背枕青山，北望灵鹫孤峰，东临琉璃宝塔。立于其上，居高临下，俯瞰整个寺院；环顾四周，林木葱翠，山花烂漫；极目远眺，整个新阳工业区尽收眼底。登上钟殿的平台，便见一口青铜大钟，悬于梁上，这就是闻名于海峡两岸的“万福万寿和平钟”，本钟于2008年被收录在了《上海基尼斯大世界名册》中，即为“铸有最多不同字体吉祥字的青铜大钟”。钟，原本是寺院的一种法器，后来逐渐形成一种思想，一种文化，更成为一种习俗——撞钟辞旧岁，祈福迎新年。石室禅院的万福万寿和平钟，寓意双关：一个是在钟面上铸有不同写法的一万个福字与一万个寿字，为当今世界上独一无二的“万福万寿和平钟”；另一个是撞一下钟，就有一万个“福”与一万个“寿”的祝愿，让大家万福万寿！此钟重24吨，代表一年二十四个节气，让撞钟人在二十四个节气里，节节高升；钟高5米，喻意让听到钟声的地方一年四季风调雨顺、五谷丰登；钟的口径为365厘米，代表撞钟时，保佑大家365天，天天平安；同时以和谐社会、平安人生，来命名”和平钟“，故全称为“万福万寿和平钟”。这几个字还是台湾佛教高僧界云大师题写，更喻意着海峡两岸和平统一，给众生带来万福万寿！然而，本钟最大的特色是集“万福万寿”为字体的四个撞钟眼，这是新疆书法家王保华先生独创的字体。为给两岸人民带来万福万寿，王先生特慷慨捐献出来，铸在撞钟眼上，作为本钟的钟标。

每年除夕之夜，零点钟声后，都会连续撞响108声，喻意让众生断除108种烦恼。平日里大家前来撞钟，只要连续撞响三下即可，以祈求身体健康、烦恼消除，善根增长。敲钟偈云：“闻钟声，烦恼轻；智慧长，菩提生；离地狱，出火坑；愿成佛，度众生。”

大家来祈福钟殿，除了撞响“万福万寿和平钟”之外，还可以按顺时针方向拨动旁边的转经筒，并念诵六字大明咒（唵嘛呢叭弥吽），便可于微尘而转大法轮，获时来运转。