古代的城隅上，都有专门置放巨鼓和大钟的楼房，用以报时或警戒盗贼。佛寺亦有钟鼓楼，建于正殿的左右，用以佛事、召集僧人上殿、诵经做功课、早晚报时，或典礼时敲击。石室禅院的钟鼓楼亦复如是！不同的是石室禅院钟楼上面的青铜大钟，钟面上篆刻了一部《药师经》，蔚为壮观，这个特色，堪称世之独有！在钟楼的下面，是祖师殿，供奉的是六位祖师，他们是达摩祖师、慧远大师、玄奘大师、普庵祖师、三平祖师、清水岩祖师。六位祖师，端坐高台，法相庄严，神态各异，惟妙惟肖，供信众礼拜瞻仰。

两侧及正面墙体，数千尊药师佛像，呈金字塔式的布局，立于墙面，交错分布，线条分明，层次有序，让人仿佛置身于千佛殿中，蒙受千佛加被，沐浴佛恩。与钟楼相对的鼓楼，上面置一大鼓，高达1.7米，下面为伽蓝殿，供奉一尊伽蓝菩萨（民间俗称红面关公），他左手握《春秋》，右手拂长须，面朝前方，力拔山兮气盖世。两侧及正面墙体，同样是数千尊药师佛像，立于墙面。风格与布局，与钟楼无异，所不同的是靠门左面墙上，为延寿堂，供有东方三圣图，供信众写长年疏，消灾延寿，岁岁平安。