一、石室禅院历经兴衰史迁，在明朝时香火最盛。寺内有僧数百，但后来据说最多只能住99个出家人，再不增至100，其中有一缘故，原来古石室禅院所在地风水极佳，名为“金鸡抱卵”（卵圆光形，譬喻出家人），而寺院对面有一山为蛇形，寺山之间一河相隔，故而无恙，否则，蛇吞鸡卵，极是不祥，后寺院来一道士，自感受怠慢，便暗中鼓动乡人造桥于河上，于是风水被破，“金鸡”受“蛇”侵袭，难以护卵至百个。此后寺院渐渐衰落。

二、改革开放初，有人盗运石室禅院乾隆年间石狮，车行半路莫名连续爆胎，窃者惊怕。就把石狮扔至附近甘蔗地，后由当地人寻回。据说古石狮嘴里含的圆石，若有人想求小孩，多摸几下就会如愿。

三、文革期间，盛传一事。说是石室禅院内本有一尊玉观音，有一教师，趁寺院惨遭浩劫之时，突发奇念，砍掉佛头，背佛身回家，欲作一玉茶几，激怒护法善神，施以惩罚，其人走至海沧嵩屿码头，还未上船，途中暴死。

四、文革期间，有一村民，愚昧至极，听人提起仙脚石的来历后不以为然，为了证明仙脚石是子虚乌有的，特地召集了一批好事之徒看他怎么把仙脚石钻穿，当他得意洋洋地打铁钻时，不可思议的事情发生了，平常力气很大的他居然握不住铁钻，被铁钻反弹伤到了胸口，痛得在地上大叫，其他村民看到这情形，赶紧念起观世音菩萨，这个村民也跪下来忏悔，疼痛才渐止，此后，再没有人敢上山打石了。
五、正对石室禅院的山因为宛如一只灵鹫鸟，鸟头鸟身栩栩如生，故名为灵鹫山，改革开放初，有一村民到山上打石，他念佛的母亲知道后一直祈求佛菩萨加持，让儿子千万不要毁坏灵山，结果儿子一锤打在鸟头上时，凿子从手中飞出，划伤了脸，鸟头却安然无恙，儿子心中升起莫名的恐惧，下山离开，结果车子一发动，就立即爆胎。从此，儿子再也不敢上灵鹫山打石了。

新阳工业区附属海沧台商投资区，而海沧台商投资区为全国最大台商投资区。2001年初始建的新阳隧道打通后，禅院前面一条主干道直通海沧大桥，厦门本岛及海沧交通愈加方便。

早在1989年，宗教政策落实后，在霞阳等村众姓居士的辛苦努力下，重塑金身，禅院开始重现香火。昔日的牛房，顿成悠古的寺院，变成了附近乡民祈福净土。当时的区委办公室主任杨炳坤居士还把所有石室禅院的历史资料整理成册。1997年，受市佛协委托，兼当地政府、居士邀请忠明法师和朗明法师来此寺常住弘扬药师法门。两位法师毕业于闽南佛学院本科，忠明法师驻寺后乃发起重兴石室禅院药师佛古道场之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流，并在2000年初创立厦门市石室禅院慈善功德会。功德会以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，以“感恩、净心、惜福”为理念，联合了一大批学佛青年及热心人士参与慈善活动，举行了诸如助学、济贫、环保、救病、义卖、文化讲座、老幼关怀等各种活动，在岛内外产生很大影响，各大电视、报纸常有报道。

目前，投资区日新月异，各个厂房林立而起，顺应这种发展，石室禅院在忠明法师的努力下，先后使寺院被批为正式宗教活动场所，批下用地近百亩，忠明法师还被选为海沧区政协委员。在广大信众的热心建议和支持下，也考虑到当时道场无法容纳日益增多的学佛弟子，禅院在忠明法师带领下，从2004年5月1日圆满举行专修药师法门后，开始重修大雄宝殿、福寿楼、福慧楼、斋堂、讲堂、禅堂、云水堂、地藏殿、琉璃宝塔、祈福钟殿、钟楼、鼓楼、内外山门、护法殿、三宝楼，使禅院成为一个集弘法、学修、慈善、朝山为一体的综合性寺院。扩建工程斥资巨大，此千秋功德伟业唯靠十方信众共兴佛事，方能成就。经云：“一铃垂塔，累世好音。块石助寺，即获天福。此功德芳泽，甚深甚远，增福增慧，难可思量！”现今的石室禅院已初具规模，各项弘法修行法会不断，同时还成立了慈善会，通过推行慈善事业与各界人士广结佛缘，现在药师佛道场石室禅院已成为一处重要的人文景观。