法会分两个坛城，一个是药师密坛：坛城按《药师经》仪轨设制，修法者必须是已皈依的佛教信众，必须提前一天素食及过午不食。从早6点开始至晚9点结束。每天程序依次为：忏悔礼拜药师佛；诵《药师经》7部；药师普供、念佛经行、祈愿礼佛；供养修法法师；放生护生；听闻药师法门开示讲解；修持药师禅定。每天重复上述修行课程。法会开始前一天须举行洒净结界仪式，结束后举行药师法圆满灌顶仪式。
参加药师密坛修法且要打十二药叉许愿结者，还需每天完成1080遍药师咒、礼拜药师佛108遍，念“那摩药师琉璃光如来”佛号4900遍，诵《药师经》4部打一个药叉结，至49部时把前后两头五色缕结在一起，法会结束后，将此许愿结卡放置洁净庄严处，满愿后再到寺院解结还愿。凡结“十二药叉许愿结”者，需要7昼夜都住在寺院修法中心宿舍内，不得离开结界范围。若是举行药师法门精进专修法会，修法者禁止携带任何通讯设备，并全程禁语。
其次是在大雄宝殿内，每天早中晚由法师带领诵读《药师经》一部，及念佛经行。上午供佛，中午过堂，下午施舍蒙山资食鬼神。随喜参加人员按规定根据自身情况择时参加以上法会。专修法会皆以七天七夜为基本的专修时间，最长则可连续进行四十九天。石室禅院从2004年开始，每年都于五一与十二月举办两次药师专修法会。
贰
药师佛七与药师昼夜精进佛七
石室禅院“药师佛七”同一般寺院举行的打佛七基本一致，即每天念佛8至12小时，共举行七天，晚上皆要休息，而“药师昼夜精进佛七”则是为激励信众用真功夫修行，从起坛念佛开始至第七天结束，连续168小时不间断地昼夜精进念佛，每天24小时念佛与绕佛交替互换，无有停顿和休息，以此虔诚勇猛心供养药师琉璃光如来。即使有困乏实在无法坚持者，回到修法中心宿舍内休息时，也是耳闻从药师密坛扩音喇叭传出的佛号声而入睡。寺院内24小时都是佛号声不断，厨房与专休点随时为修法者提供饮食点心及饮料，使其能彻底放下一切烦恼与挂碍，专心念佛，以此祈愿药师佛消除自身业障，增长定慧。从2010年起石室禅院每年都在国庆节开始举行四十九昼夜精进药师佛七（共计1176小时，连续念七个精进佛七）。法会皆由主法大和尚亲自监香，指导修法者提升心智，监督精进修行，检查修法者是否放下妄念，有否与药师佛号相应。念佛期间信众可自行决定是否持受八关斋戒。
叁
药师禅七
参禅者乃为开悟佛知见，断世俗之妄念烦恼，增长自在人生之智慧，学会处事待人之定力，所以古人称禅堂为选佛场。参加药师禅七者，必须连续七天在寺院修持药师禅，中途不得无故退出，必须受持八关斋戒，七天七夜禁语，不得携带使用任何通信设备（交由护法义工保管），不得擅离寺院结界范围，早上6点起床，晚上11点熄灯休息。参加修禅者必须能背诵药师咒，要能生起观想药师佛，每天必须坐满至少6支“脱六道轮回香”，下午主七和尚开示禅法秘要。
以上药师禅定修习，乃为熄灭心中烦恼，学会如何用药师禅法在世俗生活中得到无忧无虑的大自在，并能增强身体免疫力，有延年益寿之功效。