尔时，阿难白佛言：“世尊！当何名此法门？我等云何奉持？”佛告阿难：“此法门名说药师琉璃光如来本愿功德；亦名说十二神将饶益有情结愿神咒；亦名拔除一切业障；应如是持！”

这时，阿难向佛请示，世尊，应当用什么名称来称呼这个法门？我们所有弟子，以及像法众生等，要怎样奉行受持呢？佛告诉阿难，此法门名有三：

一名说“药师琉璃光如来本愿功德”，即此经通用的题名。一名说“十二神将饶益有情结愿神咒”，十二神将，即代表药师佛十二大愿，他们亦是药师佛的化身，十二神将饶益有情，誓愿宏深，故以此为名。结愿以后，结十二药叉结许愿以后，神咒一样的加持，加持以后马上满愿，所以叫结愿神咒。一名“拔除一切业障”，拔除众生一切业障，令消灾免难，而得安乐，如用这经名是对应文殊菩萨请佛陀说诸佛名号，令诸闻者，业障消除；与佛陀回应文殊菩萨：劝请我说诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情。这样，佛陀用这“拔除一切业障”的药师法门回应了文殊菩萨为像法众生利益安乐所修的法门。“应如是持”，应当牢牢记住，按照这样子说的去理解，恭敬受持。