药师佛古道场石室禅院始建于唐垂拱二年（686年），深厚的历史文化积淀和顺应时代需求的发展建设，使石室禅院逐步成为集弘法利生、文化传承、慈善服务为一体的综合性人文场所。

为了更好的服务社会大众，厦门市石室禅院慈善会于2000年正式成立，以“感恩、净心、惜福”为理念，以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，自成立以来连续开展了多项公益慈善活动，主要包括：救助贫苦病患、赈灾救难、收集衣服济贫寒、资助贫困学生、推广公益环保（放生护生）；成立了专门的义工服务团队、助念团及弘愿佛乐合唱团。

为了推动中华优秀传统文化的复兴与发展，促进海峡两岸的学术研讨与交流，因缘聚合，于2015年由石室禅院发起成立了厦门市石室书院。书院本着“学习经典、开启智慧、完善品格、成就人生”的精神，以“知恩感恩、净心悟心、惜福培福”为理念，致力于儒、释、道等中华优秀传统文化的学习与互动。书院凝聚海内外各大知名院校的教授、专家学者，传承和弘扬中华优秀传统文化，推广与发展健康教育。扎根厦门，深入社区，辐射全国，结合传统文化精髓与现代发展理念，以家庭和社区为单位，开展各类文化和健康教育课程及活动，共圆中华民族伟大复兴的中国梦。